一般而言造成月经干净后有咖啡色分泌物的原因有以下几种：
1.经血不畅淤积：月经后血黑有可能是因为月经后期出血量少，经血排出不畅，在宫内淤积时间长所致。
2.月经未干净：就是月经还未结束，只是经量较少，与白带混合在一起呈现出的褐色，这种情况是正常的生理表现。
3.妇科疾病：宫颈糜烂、子宫肌瘤及子宫内膜炎等也会导致褐色分泌物的出现，建议女性此时去医院做下妇科检查。
4.黄体功能不全：黄体功能不全不足以支持分泌期子宫内膜充分发育，其次还有黄体功能萎缩不全等。
5.宫内节育器：宫内节育器的安置也会出现月经后褐色分泌物的现象。
出现这种情况建议先到医院检查一下。