你好，巧克力囊肿会影响到生育的问题，并且会影响身体的健康所以发现了巧克力囊肿要及时的治疗，建议你应当到医院检查按照医生的嘱咐和建议，结合自身的情况选择一个治疗巧克力囊肿较佳方式为好。

如果这个卵巢囊肿的性质是巧克力囊肿，对生育是有一定程度影响的可能导致不孕等问题，确认清楚了可以进行手术切除，巧克力囊肿切除以后有可能复发，手术后可用达菲林等药物治疗半年左右，一般巧克力囊肿有明显的痛经症状并且有进行性加重表现，同时根据ca125的数值增高，配合B超等检查也可以初步诊断，现在要和临床医生沟通清楚是否已经确诊如果确诊可以尽早进行手术。